摘要：近年来，人类活动影响导致水生态系统平衡遭到破坏，水生生物多样性锐减，水生态健康状况堪忧。快速、有效地监测水生生物是评价水生态健康，科学开展水生态环境保护和管理的前提。环境DNA(environmental DNA,eDNA)技术是一种运用分子生物学方法，从环境样品中提取DNA并进行测序和分析来反映物种信息的技术。由于该技术只需采集环境样品(水、土壤、沉积物等)便能获得大量物种信息，具有非入侵性、灵敏性及低成本等特点，近年来备受关注。但是，已有的研究实践表明，目前eDNA技术仍然面临一些挑战，阻碍了其常态化、业务化应用。从生物多样性调查、入侵和濒危物种监测、食性研究等方面列举了eDNA技术在水生生物监测中的应用实例，并总结目前eDNA技术在采样效率、假阳性和假阴性、来源不确定性、数据库缺失和定量结果不准确等5个方面所面临的问题和挑战；进一步探讨研究者针对这些问题所提出的相应解决方案和技术突破。最后，对eDNA技术未来的发展前景进行了展望，以期为研究人员使用eDNA技术提供启发。
